Bagian otak yang bertanggung jawab terhadap emosi adalah bagian yang disebut sistem limbik. Adapun struktur otak yang berperan adalah hippocampus, cingulate gyrus, rhinal cortex, amygdala, dan orbitofrontal cortex. Disanalah emosi diatur. Mulai dari menerima informasi tentang situasi, memunculkan adanya perasaan tertentu, sampai membangkitkan reaksi fisiologis.
Jaak Pankseep, seorang peneliti emosi terkemuka, mengemukakan adanya aliran perintah emosi di dalam otak. Aliran perintah emosi itu memiliki 2 macam cara yang simultan., yakni komunikasi pada beberapa struktur otak dan melakukan fungsi merespon situasi yang menimbulkan tantangan (terdiri dari 7 hal, yakni yang bisa membangkitkan harapan, kemarahan, ketakutan, dorongan seksual, perlindungan, kepanikan atau keterpisahan, dan permainan atau dominasi). Keduanya menyampaikan informasi dari organ pengindra (penglihat, pendengar, pencium, perasa, peraba), association cortex, dan dari memori ke sistem limbik dan bagian lain dari sistem syaraf. Sebagai hasilnya, individu akan berperilaku secara integral dan adaptif. Jika marah maka akan menunjukkan ekspresi marah. Tidak akan terjadi saat marah malah menunjukkan ekspresi bahagia.
